История кафедры философии и методологии науки начинается с 1921 года, года основания Белорусского государственного университета. С первых дней своего существования в БГУ уделялось большое внимание развитию социально-гуманитарного образования. Достойное место среди наук гуманитарной сферы занимали философские дисциплины, преподавание которых обеспечивалось специалистами кафедры философии. За годы существования университета она неоднократно изменяла свое название, формы институализации и административного подчинения. Но при этом всегда оставалась подлинно философской кафедрой, традиции и наследие которой составляют основу кафедры философии и методологии науки в ее современном состоянии.

Становление кафедры философии происходило в 20-30-е годы XX века и связано с деятельностью таких известных ученых и исследователей, как С.Я. Вольфсон, Б.Э. Быховский, В.Н. Иванов­ский, С.З. Коценбоген и др. В 40-60-е годы наиболее значительный вклад в развитие философии в БГУ внесли И.Н. Лущицкий, В.И. Степанов, Г.А. Левин и др.

В 1973 году, в связи с развитием философского образования и научных исследований на базе кафедры философии организуются две самостоятельные кафедры: философии естественных факуль­тетов, которую возглавил доктор философских наук, профессор, член-корреспондент АН БССР В.И. Степанов; философии гумани­тарных факультетов, заведующим которой стал доктор философских наук, профессор Г.П. Давидюк.

В ноябре 1979 года кафедру философии естественных факультетов возглавила доктор философских наук, профессор И.И. Жбанкова, в последующем, с 1987 по 1989 год, ею руководил доктор философских наук, профессор А.Н. Елсуков, и с 1989 по 1991 – доктор философских наук, профессор П.С. Карако. В это время кафедра успешно обеспечивала учебный процесс на естественно-научных факультетах БГУ, вела подготовку аспирантов и осуществляла разработку научных проблем в области теории познания, социальной философии и философии науки.

В 1981 году кафедру философии гуманитарных факультетов возглавляет доктор философских наук, профессор В.С. Стёпин. Под его руководством коллектив кафедры добивается значительных успехов как в педагогической деятельности, так и в развитии научных исследований. В этот период на системной профессиональной основе была развернута подготовка студентов и аспирантов в области философии, созданы и успешно заявили о себе исследовательские коллективы и научные школы. Особое место среди них заняла "Минская школа" в области философии и методологии науки, творческие достижения которой стали широко известны не только в Беларуси, но и во многих странах мира.

В 1987 году кафедру философии гуманитарных факультетов БГУ возглавил доктор философских наук, профессор Зеленков Анатолий Изотович. Под его руководством кафедра продолжила традицию научных исследований в области философии и методологии науки и добилась значительных результатов, были опубликованы серьёзные монографические исследования, организованы и проведены на базе кафедры крупные всесоюзные и международные научные конференции.

В июне 1991 года по решению Учёного Совета БГУ две философские кафедры были объединены в рамках кафедры философии и методологии науки, ставшей крупнейшей кафедрой университета в сфере социально-гуманитарных наук и получившей общеуниверситетский статус. Работу кафедры возглавил профессор А.И. Зеленков.

В 1991 году при кафедре была создана научно-исследовательская лаборатория "НИЛ философско-культурологических и социально-экологических исследований", в рамках которой стали активно разрабатываться как фундаментальные, так и прикладные проблемы социальной экологии и современной экологической культуры. За эти годы сотрудниками лаборатории были исследованы проблемы деформации экологического сознания в условиях постчернобыльской реальности; междисциплинарные стратегии в развитии экологического образования и воспитания личности. Один из последних проектов связан с изучением динамики и социокультурного статуса экологической мысли народов мира и предполагает публикацию четырехтомной антологии по данной проблематике.

С 1997 года кафедра философии и методологии науки вошла в состав философско-экономического факультета БГУ, а с 1999 года, после его разделения на два самостоятельных факультета, стала одним из структурных подразделений факультета философии и социальных наук.

Кафедра является широко признанным научным центром, который известен не только в нашей республике, но и во многих странах. В научных трудах сотрудников кафедры раскрыты системные механизмы взаимодействия философии и науки на различных этапах цивилизационного процесса; проанализированы особенности структуры и динамики естественнонаучных и социальных теорий; исследованы функции традиций в становлении и развитии социокультурных систем Запада и Востока; раскрыта природа экологических ценностей в современной культуре и зафиксированы возможные тенденции их изменений под воздействием социотехносферы.

Кафедра активно сотрудничает с учеными и исследователями, представляющими многие зарубежные научные и образовательные центры. Ряд известных публикаций, подготовленных сотрудниками кафедры, явились результатом совместных проектов с философами США, Германии, Франции, Китая, Болгарии, Чехии, Польши, России, Украины и других стран.

При кафедре функционирует магистратура и аспирантура. Многие ее выпускники стали сотрудниками кафедры и успешно продолжают развивать традиции коллектива в сфере педагогической и научно-исследовательской деятельности.

В настоящее время кафедра обеспечивает учебный процесс в сфере преподавания философии и философских дисциплин на всех факультетах БГУ не только для студентов, магистрантов, но и аспирантов университета. Ее сотрудники активно работают над освоением новых образовательных технологий в области социально-гуманитарного знания, опираясь при этом на накопленный опыт и серьёзные традиции   в сфере педагогической и научно-исследовательской деятельности. За годы своего существования она выпустила более 2000 квалифицированных специалистов с высшим философским образованием, свыше 300 кандидатов и более 12 докторов философских наук были подготовлены на кафедре.