История кафедры философии и методологии науки начинается с 1921 года, года основания Белорусского государственного университета. С первых дней своего существования в БГУ уделялось большое внимание развитию социально-гуманитарного образования. Достойное место среди наук гуманитарной сферы занимали философские дисциплины, преподавание которых обеспечивалось специалистами кафедры философии. За годы существования университета она неоднократно изменяла свое название, формы институализации и административного подчинения. Но при этом всегда оставалась подлинно философской кафедрой, традиции и наследие которой составляют основу кафедры философии и методологии науки в ее современном состоянии.

Становление кафедры философии происходило в 20-30-е годы XX века и связано с деятельностью таких известных ученых и исследователей, как С.Я. Вольфсон, Б.Э. Быховский, В.Н. Иванов­ский, С.З. Коценбоген и др. В 40-60-е годы наиболее значительный вклад в развитие философии в БГУ внесли И.Н. Лущицкий, В.И. Степанов, Г.А. Левин и др.

В 1973 году, в связи с развитием философского образования и научных исследований на базе кафедры философии организуются две самостоятельные кафедры: философии естественных факуль­тетов, которую возглавил доктор философских наук, профессор, член-корреспондент АН БССР В.И. Степанов; философии гумани­тарных факультетов, заведующим которой стал доктор философских наук, профессор Г.П. Давидюк.

В ноябре 1979 года кафедру философии естественных факультетов возглавила доктор философских наук, профессор И.И. Жбанкова, в последующем, с 1987 по 1989 год, ею руководил доктор философских наук, профессор А.Н. Елсуков, и с 1989 по 1991 – доктор философских наук, профессор П.С. Карако. В это время кафедра успешно обеспечивала учебный процесс на естественно-научных факультетах БГУ, вела подготовку аспирантов и осуществляла разработку научных проблем в области теории познания, социальной философии и философии науки.

В 1981 году кафедру философии гуманитарных факультетов возглавляет доктор философских наук, профессор В.С. Стёпин. Под его руководством коллектив кафедры добивается значительных успехов как в педагогической деятельности, так и в развитии научных исследований. В этот период на системной профессиональной основе была развернута подготовка студентов и аспирантов в области философии, созданы и успешно заявили о себе исследовательские коллективы и научные школы. Особое место среди них заняла "Минская школа" в области философии и методологии науки, творческие достижения которой стали широко известны не только в Беларуси, но и во многих странах мира.

В 1987 году кафедру философии гуманитарных факультетов БГУ возглавил доктор философских наук, профессор Зеленков Анатолий Изотович. Под его руководством кафедра продолжила традицию научных исследований в области философии и методологии науки и добилась значительных результатов, были опубликованы серьёзные монографические исследования, организованы и проведены на базе кафедры крупные всесоюзные и международные научные конференции.

В июне 1991 года по решению Учёного Совета БГУ две философские кафедры были объединены в рамках кафедры философии и методологии науки, ставшей крупнейшей кафедрой университета в сфере социально-гуманитарных наук и получившей общеуниверситетский статус. Работу кафедры возглавил профессор А.И. Зеленков.

В 1991 году при кафедре была создана научно-исследовательская лаборатория "НИЛ философско-культурологических и социально-экологических исследований", в рамках которой стали активно разрабатываться как фундаментальные, так и прикладные проблемы социальной экологии и современной экологической культуры. За эти годы сотрудниками лаборатории были исследованы проблемы деформации экологического сознания в условиях постчернобыльской реальности; междисциплинарные стратегии в развитии экологического образования и воспитания личности. Один из последних проектов связан с изучением динамики и социокультурного статуса экологической мысли народов мира и предполагает публикацию четырехтомной антологии по данной проблематике.

С 1997 года кафедра философии и методологии науки вошла в состав философско-экономического факультета БГУ, а с 1999 года, после его разделения на два самостоятельных факультета, стала одним из структурных подразделений факультета философии и социальных наук.

В 2021 году на должность заведующего кафедры назначен доктор философских наук, доцент Александр Сергеевич Лаптёнок. Под его руководством кафедра, придерживаясь университетских традиций в образовании, активно разрабатывает инновационные методики обучения, взаимодействия со студенческими аудиториями всех ступеней образования, актуализирует содержательный компонент читаемых курсов для иностранных студентов, включая англоязычную аудиторию.

Кафедра является широко признанным научным центром, который известен не только в нашей республике, но и во многих странах. В научных трудах сотрудников кафедры раскрыты системные механизмы взаимодействия философии и науки на различных этапах цивилизационного процесса; проанализированы особенности структуры и динамики естественнонаучных и социальных теорий; исследованы функции традиций в становлении и развитии социокультурных систем Запада и Востока; раскрыта природа экологических ценностей в современной культуре и зафиксированы возможные тенденции их изменений под воздействием социотехносферы.

Кафедра активно сотрудничает с учеными и исследователями, представляющими многие зарубежные научные и образовательные центры. Ряд известных публикаций, подготовленных сотрудниками кафедры, явились результатом совместных проектов с философами США, Германии, Франции, Китая, Болгарии, Чехии, Польши, России, Украины и других стран.

При кафедре функционирует магистратура и аспирантура. Многие ее выпускники стали сотрудниками кафедры и успешно продолжают развивать традиции коллектива в сфере педагогической и научно-исследовательской деятельности.

В настоящее время кафедра обеспечивает учебный процесс в сфере преподавания философии и философских дисциплин на всех факультетах БГУ не только для студентов, магистрантов, но и аспирантов университета. Ее сотрудники активно работают над освоением новых образовательных технологий в области социально-гуманитарного знания, опираясь при этом на накопленный опыт и серьёзные традиции   в сфере педагогической и научно-исследовательской деятельности. За годы своего существования она выпустила более 2000 квалифицированных специалистов с высшим философским образованием, свыше 300 кандидатов и более 12 докторов философских наук были подготовлены на кафедре.